gnuplot:科技期刊调色板, 高级热图

类别:    标签: gnuplot   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

调色板

看到网上有人整理了一些著名期刊的绘图颜色设置, Scientific Journal and Sci-Fi Themed Color Palettes for ggplot2, 就将其中的一些添加到我的科技绘图的调色板中了, 也增加到自用的gnuplot初始化脚本中了.

下面其中几种颜色设置的效果图.

高级热图

使用gnuplot绘制热图的方法我在使用gnuplot绘制xpm文件对应的数据中说过, 更详细的可以看看All About Heatmaps: The Comprehensive Guide, 讲得很全面, 用的主要是python库. 我对其中的相关图作法比较有兴趣, 它是用颜色和符号大小同时来表征数据. 这种方法在3种场景下的相关性计算方式,热力图优化展示中也介绍过. 我看了一下, gnuplot也可以做出这种图. 关键的作图命令如下:

plot 'FILE.xyz' u 1:2:(size($3)):3 w p pt 5 ps var lt pal t""

其中的size是一个将数据转换为符号大小的自定义函数, 可以根据数据的实际范围来确定.

下面是两个示例, 一个来自gmx mdmat, 数据表示蛋白残基之间的最小距离, 一个来自gmx covar, 数据表示蛋白原子之间的协方差.

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