分子模拟周刊:第 19 期

类别:    标签: 周刊   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

刊首语

这些天断断续续地一直在找寻合适的势能函数公式, 用以拟合H2+的势能曲线. 思考了很多, 尝试了更多, 终于才有了一点所得, 得到了一个简单的公式, 但距理想目标还差得远.

回头想想, 却又发觉这么简单的公式早该想到, 不意竟花了这么长时间. 这不禁让我想到, 要做些没有套路的东西, 实在很难, 其难度与学会已有的东西相比, 完全不在一个量级. 已有的东西, 只要智力尚可, 愿意花时间, 能够用心钻研, 终将学会, 因为你已经知道答案的存在性了. 对很多问题来说, 解的存在性或许不是最重要的, 但绝对非常重要. 知道答案的存在性之后, 问题于你而言就已经不再是完全未知的了, 因为你至少已经知道解答是可行的, 虽然还不知道到底该从哪个方向入手解决.

这种面对未知的能力, 可能就是所谓的创造力吧. 这种能力虽然需要一些知识和经验, 其实和它们的关系都不大, 而更像是一种类似猜谜的能力, 只不过要猜的谜面出于自然, 没有人知道谜底到底存不存在, 更别说知道是什么了. 可惜的是, 我们现在还不知道到底该如何培养这种能力, 只能基于已有的东西来学习和训练, 并假定, 如果一个人能够又快又好地学会已有知识, 有很强的学习能力, 那他很可能也具有创造力. 这也是我们为什么要考试, 强调成绩的原因. 而事实却未必如此. 有时候已有的知识和经验很可能会禁锢一个人的思考, 消减他面对未知的能力, 使他的创造力无法完全发挥. 所以, 不要拿自己缺乏知识和经验作为借口而停止发挥你的主动性和创造力. 面对自然出的谜题, 每个人都可能猜到答案.

在线讲座第44期

【李继存】分子动力学模拟视频主题讨论

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资源工具

1. 蛋白通道分析工具 CAVER

我曾经对如何获得配体分子进入或离开结合位点的最小能量途径很有兴趣, 也设想了一些方法来计算. 这个工具提供了一些需要的功能.

2. 孔径计算工具 HOLE

很老的一个程序了, FORTRAN写的, 专门预测孔径和孔径大小. 我想现在应该有更好的工具了吧.

3. 分子性质计算 molinspiration

一个可以在线计算分子各种性质的网站, 计算体积的方法非常快.

4. 离散傅里叶变换C代码

最简单的实现方式, 最灵活, 最通用, 当然也是最慢的. 所得的结果可以用来与其他程序/软件的结果进行比较, 以理解它们到底是如何处理的.

Some questions about Fourier transformation 有一个程序作者的示例说明.

5. 如何通俗地解释什么是离散傅里叶变换?

来自知乎, 其中的一个回答使用matlab示例了离散傅里叶变换具体是如何做的, 很有启发.

6. Private Beta Invitation to Schrödinger & Kohn: A Stack Exchange for the modeling of molecules and materials

国外著名的专业问答网站准备推出材料版块, 现在注册可以提提意见, 一周后就正式开放了.

论文采风

学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.

1. The Hydrogen-Atom Problem and Coulomb Sturmian Functions in Spheroidal Coordinates

H2+存在精确解, 可以表示成Heun函数. 这个特殊函数在其他领域也有很多的应用, 不过现在对它的了解还不够多, 支持这个函数的程序/软件也很少.

2. Statistical Damage Constitutive Model for Rocks Considering Residual Strength

H2+的势能曲线消除掉1/r因子后, 所得曲线在自变量很小时接近线性, 很大时指数递减到一个非零值. 其他领域中也有类似的曲线, 材料的应力应变曲线就是其中之一. 这篇论文中的模型能够给出这种形状的曲线, 但没有明确的形式. 类似的材料论文还有很多, 提出了各种各样的公式.

3. Nonlinear Elimination of Drugs in One-Compartment Pharmacokinetic Models: Nonstandard Finite Difference Approach for Various Routes of Administration

接上一个问题, 药物的血药浓度曲线也是类似的. 这篇文章使用单室模型来模拟这种曲线.

4. Simulating Infrared Spectra And Hydrogen Bonding In Cellulose Iβ At Elevated Temperatures

计算纤维素的红外光谱, 我在以前的使用GROMACS计算红外光谱中提到过. 再仔细看了一遍, 发现以前所给的计算红外光谱的方法可能有误, 等确认后再更正吧.

5. 蒙脱石层间阳离子交换的分子模拟 (投稿, 微信公众号: llb9453)

层间阳离子交换是蒙脱石最基本的属性之一,早在18世纪科学家就发现了土壤在吸附一些阳离子同时会浸出一部分阳离子,近些年有通过各种试验手段研究测定方法、阳离子交换量、交换自由能、影响因素等指标,分子动力学能从更微观尺度揭示其机理但目前研究甚少。本文构建黏土矿物—溶液共存体系,引入钾、镁、钙、钡4种地质常见离子,通过分析离子在表面吸附位置、交换量、交换速度、自由能变化、扩散系数等数据从原子尺度上揭示蒙脱石阳离子交换动力学过程。

6. Molecular Dynamics Simulation of Alkylammonium-Intercalated Vermiculites (投稿, 微信公众号: llb9453)

本文运用分子动力学对烷基胺插层蛭石性质研究,采用ClayFF力场和CVFF力场相结合,通过分析层间距、密度分布函数、基团的分布及均方位移等数据,揭示了烷基胺在蛭石层间吸附行为和吸附特点。

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