分子模拟周刊:第 16 期

类别:    标签: 周刊   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

刊首语

上周是谷雨, 本来应该天雨粟的, 而我这里既没有谷, 也没有雨. 早上起来一看窗外, 白茫茫一片, 夜里竟然落了雪, 足有三指厚, 而且仍然纷纷扬扬. 真是让人恍惚, 怀疑这节气是不是用错了地方.

孩子却管不得这多, 就是喜欢下雪, 这种时候还能有雪玩, 真是兴奋不已, 也顾不得什么隔离了. 出去一通瞎跑, 雪地上留下一串串的小脚印, 撒下一串串的笑声. 小手冻得冰冰凉也乐此不疲. 只得由着她了.

父亲常说, 立春的雪, 狗都duàn不上. 这要立夏的雪, 狗怕是更没有办法追上了吧.

按着节气, 谷雨过了就是立夏. 我似乎已经嗅到了夏天的气息, 居然是从飘扬的雪花间.

乡下真是非常美丽。这正是夏天!小麦是金黄的,燕麦是绿油油的。干草在绿色的牧场上堆成垛,鹳鸟用它又长又红的腿子在散着步,噜嗦地讲着埃及话。这是它从妈妈那儿学到的一种语言。田野和牧场的周围有些大森林,森林里有些很深的池塘。的确,乡间是非常美丽的,太阳光正照着一幢老式的房子,它周围流着几条很深的小溪。从墙角那儿一直到水里,全盖满了牛蒡的大叶子。最大的叶子长得非常高,小孩子简直可以直着腰站在下面。

  ——安徒生 《丑小鸭》 叶君健译

资源工具

1. 关键词提取的RAKE方法

在我的taggie工具中, 我觉得可以加上论文关键词自动提取功能, 这样能省去手动输入关键词的麻烦. 看了一下目前可用的关键词提取方法, 大多很麻烦, 只有一个RAKE算法实现起来比较简单, 也有现成的代码可供参考, 就用它了.

下面是相关的一些参考资料

2. XeTeX

在整理GROMACS手册的时候, 最终还是决定用LaTeX生成最后的pdf, 毕竟这是处理大文档时比较成熟的流程, 其他的工具不是太麻烦就是还不成熟, 坑太多. LaTeX要处理中文, 目前看比较好的方案是XeTeX.

我一直对LaTex有点排斥, 觉得它太复杂了, 一堆的标签, 大括号, 看起来比html还碍眼. TeX Live这样的东西就连安装都麻烦得很, 大也就罢了, 用起来还不友好, 不是缺这就是少那, 依赖链经常让人崩溃. 相关领域的人对初学者也是一脸鄙夷, 自动打开劝退模式, 好像我们这些蠢人根本就不应该染指这么高端的东西. 要是人人都能轻易上手了, 他们的优越感是不是就无处安放了?

3. LaTeX的markdown包

我用markdown做主要文档格式已经很长时间长了, 在转换成pdf的时候, 效果与LaTeX比还有差距. 一直也想着自己实现一个转换器, 现在看来没有什么必要了. 先用着这个包吧, 直接把markdown文本写在LaTeX中就好了.

4. 蛋白-蛋白对接服务器 PatchDock

功能有待你的测试.

5. GROMACS粗粒化建模程序 pycgtool

MARTINI粗粒化程序, 相关论文PyCGTOOL: Automated Generation of Coarse-Grained Molecular Dynamics Models from Atomistic Trajectories

论文采风

学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.

1. Energetics of Infinite Homopolypeptide Chains: A New Look at Commonly Used Force Fields

讨论各种力场对多肽的适用性问题, 类似的方法可以用来考察任何其他方法或力场.

2. Multiple, consecutive, fully-extended 2.05-helix peptide conformation

综述文章, 其中总结的二级结构说明简洁清晰.

3. Modeling of type IV and V sigmoidal adsorption isotherms

讨论吸附等温线的拟合问题, 各种各样的经验公式. 需要自己寻找经验公式或凑公式的时候, 可以参考下思路.

问题写生

残基的缺失信息是体现在pdbank下载的原pdb文件中,所缺氨基酸的排序、名称均已呈现,但是坐标缺失. 如何处理?

从pdb文件上看, 连续缺失的残基很多, 比较好的解决方法应该是利用一些建模或结构预测程序补充完整, 比如同源建模或是有人提到的Rosetta等.

分析表面附近的分子运动? 有什么经验么?

这个需要自己编程处理。处于某个区域的MSD需要考虑粒子在这个区域内的survival probability,参考以下两篇文献:On the Calculation of Diffusion Coefficients in Confined Fluids and Interfaces with an Application to the Liquid-Vapor Interface of WaterEffect of Surface Polarity on the Structure and Dynamics of Water in Nanoscale Confinement.

如果不想算survival probability,可以考虑用一个力把粒子束缚在这个区域,然后考虑粒子在这个区域内在二维平面上的MSD:Anomalous Anisotropic Diffusion Dynamics of Hydration Water at Lipid Membranes. 这种情况下或许可以使用gmx msd配合-lateral选项

请问第二种,用一个力是怎么处理呢?-lateral试过,好像计算的是在一个平面内的扩散. 另外,gmx msd里的-trestart选项不大明白,请教大家

可以尝试用一个harmonic potential把一些粒子固定在你的界面处,具体设置可以参考umbrella sampling的设置,基本上是在mdp文件里对pull进行设置

你得在index.ndx里添加一个group,然后把这个group里的原子固定在z坐标为某个值附近(也就是你所说的界面),具体设置可以参照和pull有关的教程

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