分子模拟周刊:第 4 期

类别:    标签: 周刊   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

刊首语

The world is hard and cruel. We are here none knows why, and we go none knows whither. We must be very humble. We must see the beauty of quietness. We must go through life so inconspicuously that Fate does not notice us. And let us seek the love of simple, ignorant people. Their ignorance is better than all our knowledge. Let us be silent, content in our little corner, meek and gentle like them. That is the wisdom of life.

    —— W. Somerset Maugham, The Moon and Sixpence

这个世界艰难而冷酷。我们来到这个世界,没有人知道为什么;我们离开这个世界,也没有人知道为什么。我们必得非常谦卑,我们必得见出沉静之美,我们必得尽可能低调过日以使命运不留意我们。让我们寻求质朴单纯之人的爱吧,他们的无知胜过我们博学。让我们保持沉默,安安静静地蜷缩在自己的小角落,像他们一样谦卑有礼。这就是生活的智慧。

    ——毛姆《月亮与六便士》

记得马亲王(马伯庸)曾说过: 人生有三个阶段, 认识到父母很平凡, 认识到自己很平凡, 认识到孩子很平凡.

我当然是很早就认识到了第一阶段, 没有什么感觉, 也不会有什么感觉, 因为那无可改变. 第二阶段正在慢慢变为现实, 时间早晚的问题, 也无甚可说的了. 现在我也慢慢尝试认识第三阶段, 口上虽也无所谓, 心上却又不甘. 好在她年纪小, 潜能未知, 还有无限可能. 姑且就这样安慰自己吧.

有人将上面毛姆的那段话概括为: 我用尽了全力, 过着平凡的一生. 意思有些出入, 但也差得不远. 现在这种时候, 对有些人来说, 想过完平凡的一生真是要用尽全力, 却还未必可得.

而有些古人, 却常常让人慨然流涕.

备住荆州数年,尝於表坐起至厕,见髀里肉生,慨然流涕。还坐,表怪问备,备曰:“吾常身不离鞍,髀肉皆消。今不复骑,髀里肉生。日月若驰,老将至矣,而功业不建,是以悲耳。”

    ——《三国志·先主传》裴松之引《九州春秋》注

资源工具

1. 生成氧化石墨烯的python脚本

简单的实现方法, 最好能将这种方法在我的石墨烯在线工具中实现一下, 这样就更方便了.

2. 氧化石墨烯MC模拟程序

同样可以参考.

3. 根据序列构建DNA结构

我已经完成了一个蛋白质构建在线工具, 可以参考这个网站将其扩展到DNA.

4. KeyCastOW

一个键盘操作记录显示工具, 做视频教程的好工具. 备用.

论文采风

学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.

1. Lessons learned from comparing molecular dynamics engines on the SAMPL5 dataset

通过一个数据库对各种MD程序计算的能量进行比较, 如果注意到一些转换, 可以得到非常接近的结果.

2. Towards Exact Molecular Dynamics Simulations with Machine-Learned Force Fields

Tkatchenko组发展的机器学习方法, 用来做力场. 看了一下, 不是很懂.

3. 蛋白质二级结构指定

总结了各种二级结构的判定方法, 不同程序对二级结构指认的差异, 可作为自己实现二级结构判定的参考.

问题写生

请问gromacs和高斯可以结合做qmmm吗?

理论上可行,实际几乎不能。

貌似有个chemshell。。。。不过我没用过

gmx的qmmm接口被砍了, 建议amber或者namd

能做,只是不是个很好的选择罢了。gmx qmmm接口没人维护

可以做, 但是很慢, 即便你有高斯源码也还是很慢, 最新版本的gmx用的是cpmd, 效率高些, 如果确实需要可以试试

做qmmm的,dft/amber这种方法的还挺多的。qmmmmd相比就少一些了,qmmmmd往往是半经验的QM. qmmm有常用软件有1.chemshell配合turbomole或者ORCA,2.gaussian的oniom

xTB可以做半经验的MD

跑完了coarse grained MD, 系统里一共有3个蛋白 2/3个蛋白聚合在一起 1,我做了每一个蛋白质的rmsd分析 2,然后算了它们之间的距离根据com. 想请教您 是否还有别的分析可以做的 我在考虑做residue residue contact map

常规分析无非是两类, 结构, 能量, 你做了结构, 还可以做能量. 其他分析要看你md的目的, 根据目的做相应的分析, 这些是特定的, 没有套路

有没有命令行添加mmff94电荷的,如果支持的电荷类型多,更好

openbabel应该可以, 它支持mmff力场. Jmol也有自己的mmff94实现, 可以试试.

一般分子动力学仿真的分子数量(浓度)要多于实验中的浓度。现在论文审稿中,有个专家问到,仿真浓度是否与实验条件匹配?这个问题怎么回复会比较 好一点呢。

md中的浓度一般是大于实际浓度的, 因为条件限制, 没法使用太大的盒子, 这个因素只对一些性质的计算有影响, 如表面张力这些, 对其他的一些性质影响很小, 或没有影响, 因为计算时候是使用截断的, 处于截断外的分子对中心分子就不再有影响了, 根据你分析的性质来说具体有没有影响.

网络文摘

1. 吾有一術。名之曰「快排」

嗯. 我知道快速排序算法, 却从来不知道中国古人也会呢. 还用文言写成了程序?

不信? 有书为证

2. 中国, 为什么你的名字叫中国?

我们总结以上所述,“中国”可以归纳为两重含义,不妨称之为甲定义和乙定义,分别如下:

甲定义 ——“通天”、“应天”之国、战胜之国。

乙定义 —— 商人周人的京师 —> 先秦华夏诸国 —> 汉族政权的统一国家 —>统御东亚多民族的帝国 —> 中华民族共同的国家。

甲定义是它的内涵,乙定义是它的外延。我们看到,这个外延是随着历史进程而不断扩大的。

从最早的“中国”直至汉代,甲、乙两定义曾经是完全重合的,也就是说,夏商周三代政权和秦汉政权是当时最大的军事强权,毫无争议的“天命所归”之国。尽管到了汉代这种优势地位已经有所削弱。汉人称匈奴为“天之骄子”,即“上天骄宠的小儿子”,偶尔也能够与“中国”(“天之元子”)在战场上一争胜负。

晋代之后情况就逐渐不同了。最严重的是南宋的时候,汉族政权向金称臣,遣使纳贡,国书使用金的年号。那么宋与金,到底谁才是“中国”呢?虽然双方都自称“中国”,但“中国”的甲、乙两定义的这种背离,给南宋的读书人带来了巨大的精神困惑和痛苦。

鉴于乙定义随着历史进程的扩张性,我们今天看这个问题有新的角度。谭其骧先生的论断是我们当代的标准答案,他说:以1820年的清朝极盛疆域为准,凡活动于它的范围之内的各个历史时期的古代民族,都是历史上的中国人。按这个标准,宋和金就都是中国的一部分,甲、乙定义背离的问题也解决了。

古人说:温故而知新。今天, 我们重温古老中国的初心,正是为了昭示未来中国的使命,正所谓“周虽旧邦,其命维新”。这也正是我们为“中国”的含义正本清源的意义之所在。

华中科技大学的刘冬生, 专业方向是超大规模集成电路设计; 网络上的石头布, 专栏龙玉崇拜的起源与华夏北来说. 有些推断有可取之处.

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