GROMACS简介和基准测试

类别:    标签: gmx   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

简介

GROMACS是一个通用的软件包, 可用于进行分子动力学模拟. 它可以根据牛顿运动方程, 对具有数百到数百万个粒子的体系进行模拟.

GROMACS主要用于生化分子, 如蛋白质, 脂质和核酸, 这些分子都具有许多复杂的成键相互作用. 由于GROMACS可以非常快速地计算非键相互作用(这种计算通常是模拟中最耗时的部分), 因此许多研究组也将它用于非生物体系的研究, 如聚合物.

GROMACS实现了现代分子动力学中的所有常用算法, 并且功能非常全, 这使其能在众多分子动力学程序中脱颖而出:

关于GROMACS过去, 现在和未来, 可以观看对David van der Spoel的采访.

下面这些论文讨论了GROMACS的发展和功能.

主要论文

  1. Berendsen, et al. (1995) Comp. Phys. Comm. 91:43-56, DOI:10.1016/0010-4655(95)00042-E
  2. Lindahl, et al. (2001) J. Mol. Model. 7:306-317, DOI:10.1007/s008940100045
  3. van der Spoel, et al. (2005) J. Comput. Chem. 26:1701-1718, DOI:10.1002/jcc.20291
  4. Hess, et al. (2008) J. Chem. Theory Comput. 4:435-447, DOI:10.1093/bioinformatics/btt055
  5. Pronk, et al. (2013) Bioinformatics 29:845-854, DOI: 10.1093/bioinformatics/btt055
  6. Páll, et al. (2015) Proc. of EASC 2015 LNCS, 8759:3-27, DOI:10.1007/978-3-319-15976-8_1, arxiv:1506.00716)
  7. Abraham, et al. (2015) SoftwareX 1-2:9-25, DOI:10.1016/j.softx.2015.06.001

其他论文

LJ-PME

Verle截断方案

基准测试

为大致了解GROMACS分子动力学模拟的性能, 并对一些常见硬件平台上的模拟速度进行比较, 我们构建了一些典型的基准测试系统. 这些基准测试都来自”现实”中的例子, 即它们来自我们实验室中正在进行的研究项目或已发表的论文.

GROMACS 5.0基准测试

GROMACS 5.0基准测试报告

GPU基准测试

GPU的发展速度非常快, 尽管我们经常会进行基准测试以改进性能, 但我们常常没有时间来更新文档中的数据和绘图. 但是, 你可以在GPU页面上找到以前的基准测试集.

基准测试论文

上面的基准测试论文已经翻译, 见物美价廉:GROMACS 2018在GPU节点上的使用.

随意赞赏

微信

支付宝
◆本文地址: , 转载请注明◆
◆评论问题: https://jerkwin.herokuapp.com/category/3/博客, 欢迎留言◆


前一篇: 五周年寄语
后一篇: GROMACS恒pH模拟

访问人次(2017年1月27日起): | 最后更新: 2021-04-11 10:19:28 CST | 版权所有 © 2008 - 2021 Jerkwin