吴伟:auto-martini的安装和使用简介

类别:    标签: gmx martini   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

在文献Tristan Bereau, Kurt Kremer; Automated Parametrization of the Coarse-Grained Martini Force Field for Small Organic Molecules; J. Chem. Theory Comput. 11(6):2783-2791, 2015; 10.1021/acs.jctc.5b00056中提出了自动将小分子划分为Martini珠子的方法, 作者还提供了一个python脚本. 这里简单介绍下它的使用方法.

安装

  1. 首先从github下载auto-martini程序包放到合适目录
  2. 下载Windows版的anaconda2. 注意, 这里要选择python2.7版本的, 因为auto-martini是用python2.7写的, 不兼容python3之后的语法
  3. 安装完anaconda之后, 以管理员身份运行anaconda, 进入auto-martini包所在位置
  4. 安装auto-martini所依赖的四个程序包
pip install numpy
pip install beautifulsoup
pip install requests
conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

安装完之后, 就可以使用了.

使用方法

命令

python auto-martini [-h] (--sdf SDF | --smi SMI) --mol MOLNAME [--xyz XYZ] [--gro GRO] [--verbose] [--fpred]

说明

示例

使用Gaussview画出想要的小分子

可以直接保存为sdf文件, 但好像Gaussview生成的sdf文件在auto-martini中使用会出错(未详细考察), 所以我们保存为pdb文件, 再用openbabel转换为sdf文件.

将该文件放到auto-martini目录下. 执行

python auto_martini --sdf TEG.sdf --mol TEG --gro TEG_CG.gro

会得到如下结果

同时生成gro文件

注意事项

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