我的.bashrc设置

类别:    标签: bash   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

我用bash也有很多年了, 以前的时候里面的设置波动很大, 但现在慢慢收敛了, 基本不再有大的波动. 所以我就重新整理了一下, 使其更有条理, 修改/添加更方便. 做量化计算或分子模拟的, 可以作为参考.

下面就是我的设置

mine.bashrc
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# 作业系统脚本/程序
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jobMode=pbs
[[ `hostname` =~ ^[pin|c[0-9]]* ]] && { jobMode=slurm; }
[[ `hostname` =~ ^node[0-9]]*   ]] && { jobMode=node;  }

[[ $jobMode =~ node  ]] && { source \!\!_node.bashrc;  }
[[ $jobMode =~ pbs   ]] && { source \!\!_pbs.bashrc;   }
[[ $jobMode =~ slurm ]] && { source \!\!_slurm.bashrc; }

if [[ ! $jobMode =~ node ]]; then
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# 加载模块
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. /etc/profile.d/env-modules.sh # 无此文件则注释掉
module load intel/18.0.2 mkl/18.0.2 impi/18.0.2 cmake/3.5.2
module list
# 使用MPI版本 goto/mkl blas设置为1, 使用混合 mpi/openmp则设其他值
export OMP_NUM_THREADS=1  MKL_NUM_THREADS=1  GOTO_NUM_THREADS=1
fi

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# 常规设置
########################################################################
umask 0027
history -c; HISTSIZE=50
ulimit -Sv unlimited -nu 65535 -c 0 2>/dev/null
export  HISTCONTROL=ignoredups \
		HISTCONTROL=erasedups  \
		HISTIGNORE="ls:pjob*:pque*:cls:cd*:exit" \
		LS_COLORS='no=00:fi=00:di=01;34:ln=01;36:pi=40;33:so=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:ex=01;31:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lzh=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.gz=01;31:*.bz2=01;31:*.deb=01;31:*.i386.rpm=01;31:*.src.rpm=01;30:*.jpg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.png=01;35:'

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# 彩色提示符: 当前路径  运行任务/总任务  日期时间  用户名@节点
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Coff="\[\e[0m\]";
Cblk="\[\e[30m\]"; Cred="\[\e[31m\]"; Cgrn="\[\e[32m\]"
Cylw="\[\e[33m\]"; Cblu="\[\e[34m\]"; Cpup="\[\e[35m\]"
Ccyn="\[\e[36m\]"; Cwht="\[\e[37m\]"; Bblk="\[\e[40m\]"
export PS1="$Bblk    $Cwht \w  $Cred\$($runJob)/\$($allJob)  $Cgrn\$(date "+%Y-%m-%d") \t$Cylw <\u@\h>\n$Cred\$    $Coff";

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# 常用命令别名, 设置
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alias   ~='cd ~;clear'           \
		-='cd -;clear'           \
		..='cd ..;clear'         \
		rm='rm -i'               \
		cp='cp -i'               \
		mv='mv -i'               \
		ll='ls -l'               \
		la='ls -aF'              \
		cls='clear; ls'          \
		grep='grep --color=auto' \
		ls='ls --color=auto -NF --show-control-chars'

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# 设置PATH(命令搜索位置), LD_LIBRARY_PATH(库文件搜索位置)
########################################################################
export PATH=$PATH:\
/share/apps/bin:\
~/bin:\
~/GMX4.6.7/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:\
/usr/lib:\
/usr/lib64

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# 专业程序, export用于在脚本中使用, alias用于在命令行中使用
########################################################################

# VMD
export  DISPLAY=localhost:0.0     \
		LIBGL_ALWAYS_INDIRECT=yes \
		vmd=~/VMD1.9.1/VMD1.9.1
alias   vmd=$vmd

# GROMACS
export  GMXLIB=~/GMX4.6.7/share/gromacs/top:/storage/$USER/scratch/!GMXLIB \
		gmx='bash /home/jicun/!GMX'          \
		gmx18=~/GMX4.6.7/2018/bin/gmx_mpi_d
alias   gmx=$gmx       \
		gmx18=$gmx18   \

# Gaussian
export  GAUROOT=~/g16 # 使用版本路径
export  g16=$GAUROOT/g16       \
		GAUSS_EXEDIR=$GAUROOT  \
		GAUSS_SCRDIR=~/_tmp    \
		PATH=$PATH:$GAUROOT    \
		LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUROOT
alias   g16=$g16

# MOLPRO
export molpro=~/molpro/bin/molpro
alias  molpro=$molpro

# GAMESS
export  gms=~/gamess/_bin/rungms
alias   gms=$gms

# MOPAC, PQS
export  MOPAC_LICENSE=~/bin/mopac             \
		PQS_ROOT=~/PQS                        \
		PQS_BASDIR=~/PQS/BASDIR               \
		PQS_SCRDIR=/storage/$USER/scratch/_tmp

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# 用户脚本/程序
########################################################################

export  pardo=~/bin/parallel                  \
		capmol='bash /home/jicun/capmol'      \
		setqm='bash /home/jicun/setQMMM'      \
		gro2qm='bash /home/jicun/gro2QM'

alias   pardo=$pardo                          \
		capmol=$capmol                        \
		setqm=$setqm                          \
		gro2qm=$gro2qm                        \
		sapt='~/!SAPT'                        \
		mrun="matlab -r"                      \
		trun='~/!Trun'                        \
		getref='bash /home/jicun/getRef'      \
		sx='bash /home/jicun/sx.bsh'          \
		scr="cd /storage/$USER/scratch;clear" \
		lscr="cd /local_scratch/$USER;clear"  \
		icc='~/!IFC c'                        \
		ifc='~/!IFC f'                        \
		vsp_ikp='~/!VSP ikp'                  \
		vsp_run='~/!VSP run'                  \
		vsp_d3='~/!VSP d3'

命令行使用了彩色提示符, 显示了

当前路径 运行任务数/总任务数 日期时间 <用户名@节点>

效果如下

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