分子模拟周刊:第 25 期

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每周杂记: 无所不在PUA

最近算是学到一个新词, 霸凌PUA. 本以为这个词的翻译有霸气, 英文原词也应如是. 谁成想查了一下发现原词竟是Pick-Up Artist, 顿时有一种跨界的喜感, 效果就和狮子王的英文原名为Hello Kitty差不多.

翻译什么的暂且不表吧, 这个词基本已经脱离了原本的狭隘领域, 扩展应用到更大范围了, 学术领域当然也不例外.

我在学术领域滚爬有些日子了. 现在回想起来, 学术领域早就存在这些现象, 虽然并没有以PUA概括表达出来. 再细究下去, 我们每个人不知不觉地都可能会有这种倾向. 在表达自己意见的时候, 通常能力越大的人越aggressive, 这多多少少带有PUA的倾向. 他们有时会以为自己掌握了真理, 对自己认定的东西都言之凿凿, 不容分辩. 即便是自认能力不大的我自己, 有时候看到一些不符合自己的想法, 或与自己理念不合的说法, 都忍不住想挑剔一番, 或者挖苦一番, 再喷下相关的人, 觉得自己似乎顿时成了真理的唯一化身, 心理得到了满足. 而那些被喷的人呢, 如果没有强的心理, 可能就会怀疑自己的能力, 进而变得消极, 甚至放弃.

好在我大多数时候并不是aggressive的人, 也并不觉得自己的经验与知识就是唯一正确的. 即便我真觉得自己的想法正确, 他人的不对, 我也知道别人同样有权利如我一样觉得, 所以最后的结论大多是无可无不可, 各人自说自话, 各取所需.

可如果真以我这样的模式继续归纳下去, 那很有可能就滑入不可知论或相对主义. 对科学领域而言, 我们还可以借助实验/模拟这些加以避免, 对其他领域, 那就未必了. 这让我记起以前学过一篇古文, 钱大昕的 弈喻, 我至今大致还能背诵下来, 虽然有些观点现在已经不再赞同:

弈之优劣,有定也,一着之失,人皆见之,虽护前者不能讳也。理之所在,各是其所是,各非其所非,世无孔子,谁能定是非之真?

想到这里, 我就更佩服玻尔这样的科学家, 爱因斯坦对他的赞誉也是恰当:

玻尔是一个真正的天才人物,人类竟然会有这样的人物,这是我们的运气。我完全相信他的思维方式。他发表自己的意见时像一个永远在探索着的人,而从来不像一个相信自己掌握着确定真理的人。

希望我能时时记起这些, 特别是自己要说些什么的时候.

In my younger and more vulnerable years my father gave me some advice that I’ve been turning over in my mind ever since.”Whenever you feel like criticizing any one,” he told me, “just remember that all the people in this world haven’t had the advantages that you’ve had.” …… So we beat on, boats against the current, borne back ceaselessly into the past.

我年纪还轻,阅历不深的时候,我父亲教导过我一句话,我至今还念念不忘。“每逢你想要批评任何人的时候,”他对我说,“你就记住,这个世界上所有的人,并不是个个都有过你拥有的那些优越条件。” …… 于是我们奋力向前划,逆流向上的小舟,不停地倒退,进入过去。

  ——弗朗西斯·斯科特·菲茨杰拉德《了不起的盖茨比》 巫宁坤译

资源工具

1. GROMACS的隐秘功能: 线性键角势

以前整理GROMACS中文手册的时候就发现, 键角势能函数的类型编号中恰好缺少了9, 原因不得而知. 最近在查看线性分子模拟方法的时候才发现这个9号类型是线性键角势, 专门用于处理共线三原子的线性键角. 由于手册中并没有提及, 所以有必要仔细考察下这个隐秘的功能, 同时作为GROMACS功能探索的一个示例.

2. GROMACS蛋白模拟的通用脚本

很多人用GROMACS进行蛋白模拟, 相关的教程也很多. 练习时跟着教程一步一步操作是合适的, 但如果要快速进行很多次不同蛋白或不同配体的模拟, 每次都手动操作就有点不合适了. 既然流程比较固定, 处理模式也比较成熟了, 那何不将这个流程做成一个比较通用的脚本, 实现自动化, 或至少半自动化呢? 我就试着做了一下, 发现是可行的. 虽然还未实现完全自动, 但已经节省了很多手动操作. 继续完善下, 做到给出结构文件, 自动完成整个模拟应该不成问题.

3. 基于unicode的Mathjax公式

使用mathjax在网页上显示数学公式已经很成熟了, 但在处理大量公式的时候, 采用的方式一直比较落后, 源文件中要输入的公式代码过多, 显示方式也不直观. Latex目前正在发展一种基于unicode的数学公式, 在源文件中直接使用unicode符号显示, 比较直观. 采用这种方式, 目前的困难至少有两点: 1. 对unicode支持良好的字体; 2. 输入unicode的简洁方式.

我没有能力完美地解决这两个问题, 但觉得可以吸取其中的先进理念, 并用到mathjax中. 所以, 我就简单地实现了一些功能, 不求大求全, 但求有帮助. 我将这个功能加到自己编译的notepad2中了, 可以比较方便的输入unicode, 用于显示数学公式, 同时这样的公式也可以转换成mathjax的标准显示模式, 力求源文件中的显示尽量接近最终方式, 做到所近即所得. 这种处理方式有点类似markdown的理念, 可以继续扩展下去.

4. 英语发音训练

我的普通话口音很浓烈, 英语发音就更甚了. 很多时候, 我好不容易憋出一句, 土著们大抵是思索再三才能明白我要表达的意思, 这样我就不愿再张口了. 可不愿张口, 发音就更难学好. 如此恶性循环, 导致我的英文口语至今还是很差, 聊胜于无. 最近想了下, 虽然年纪不小了, 或许也可以试着从头学习一下, 看能不能有改观. 所以就找了些资料, 按自己的方式来学习训练. 先从最简单的音标开始, 学习每个音标的标准发音, 包括口型, 舌头位置. 一边学, 一边整理, 一边扩展功能, 希望能将这个过程坚持下来, 最终也能做出一个比较成熟的软件, 用以辅助发音. 虽然市面上应该不缺类似的软件, 但我还是想实现一些自己的想法.

论文采风

学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.

1. Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations of the Sphere to Rod Transition in Surfactant Micelles

以前整理翻译过粗粒度martini力场的大部分文档, 可惜没有全部完成. 最近由于需要, 重新看了下, 发现使用这个力场创建一般有机分子的拓扑并没有太好的方法. 这篇文章中做了CTAC活性剂的模拟, 并给出了拓扑文件, 可以作为粗粒度模拟拓扑的实例学习.

2. Coarse-grained molecular dynamics simulation of the interface behaviour and self-assembly of CTAB cationic surfactants

与上一篇论文对比一下, 发现目前的martini力场无法区分不同的盐, 只有NaCl型, 所以NaBr, KBr之类的都没有区别. 这篇文章中研究的CTAB和上篇中的CTAC完全一样.

3. CHARMM-GUI Martini Maker for Coarse-Grained Simulations with the Martini Force Field

这篇论文提到的CHARMM-GUI工具可以创建各种胶束结构模型, 值得一试.

上面这三篇作为表面活性剂粗粒度模拟入门就差不多了, 试着重复下文章里的模拟, 再运用到自己的体系就好了.

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