分子模拟周刊:第 24 期

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每周杂记: MatLab, Matrix

最近听闻有些学校被禁止使用matlab, 胡乱地想起一些, 也就胡乱地说些.

我是上大学时候才知道matlab的, 也不记得是怎么知道的了. 图书馆的书架上有不少matlab的教程, 我看了之后觉得这个软件很厉害, 要是学会了就牛气了, 还可以在人前显摆显摆. 人年轻的时候常有这种想法. 现在想来虽然幼稚, 但值得鼓励. 我因此也就花了不少时间去阅读相关的书籍. 那时候我自己是没有电脑的, 没法上机操作, 只能把各种函数语法用法抄在本子上. 后来院里有了机房, 我就花了5块还是10块在校门口买了两片盗版的光盘, matlab 6.0, 然后将它装到机房的计算机上, 这样好歹能实际操练一下, 有时还能用来处理下实验数据.

等我对matlab的基础知识有了一定程度的了解之后, 就没有再花太多心思学习它了. 因为我觉得它的那些简单功能或者有更好的软件可以代替, 比如画图, 有些我不需要, 比如矩阵计算. 至于那些仿真工具箱, 我从来就没关心过, 因为离我的领域太远, 用不到.

在随后的很长时间里, 我也用过几次matlab. 这大多是解答别人问题时候, 别人希望用matlab, 我也就用matlab, 谈不上什么非用不可.

等我也敲代码, 编程序, 画软件之后, 回想起来, matlab这类软件, 虽然现在庞然大, 但其雏形并不难. 做研究的时候会遇到问题, 经过一番折腾你找到了解决方案. 如果想到以后自己可能还需要处理类似的问题, 或者想到别人可能也需要处理类似的问题, 那么你就可以把自己的解决方案规范化成一个流程, 尽量通用简单, 然后做成一个教程/程序给人参考使用. 走到这一步需要耗费一些时间和精力, 并不太多, 凭一时的热情就可以, 很多人也都做得到. 可如果你想让更多人来使用, 并借此持续更新发展自己的程序, 就不单单是凭一时的热情就能达到的了, 这需要持续的投入. 走到这一步的人就少多了. 这是幸运的, 也是不幸的. 幸运的是, 你不再需要持续花精力维护一个可能最终会被废弃的程序了, 不幸的是, 你曾经花费的精力已经耗费了. 你或许在这件事上花了很长时间, 思考了很多, 有些洞见, 但随着你的离开, 你的这些思考, 就消失在时空里了, 没有人记得, 也没有人受益. 他人也就无法站在你的肩膀上看得更远.

所以现在我们谈论社区, 谈论github, 谈论UGC, 我们说 Publish or perish. 这背后更多的是想将每个人思考的结果保留下来, 而不是烂在他的脑子了, 随着他的离开最终化为乌有.

可看看我们现在采用的这些方式, 低效甚至无效, 只是人类目前能用的权宜之计. 如果要达到更高的层次, 人类的形态必定要发生巨大变化. 像三体人那样变得思维透明, 还是像 Matrix 里面那样接入母体?

公益讲座第46期

【李继存】GROMACS中文手册导读

【时 间】2020-06-28 周日 晚 20:00-21:00

【参 与】加入QQ群: 132266540GROMACS/AMBER中文组), 按时上线加入QQ电话/群视频/腾讯会议.

资源工具

1. 微信公众号文章编辑器

我发博文用的是markdown, 直接套用格式就好了, 图片什么的也不麻烦. 但要将博文推送到微信公众号, 就要费不少事, 因为公众号的编辑器并不好用, 设置格式麻烦, 图片也没法直接粘贴. 网上也有一些专门用于公众号的编辑器, 试了一圈也觉得不满意, 不是风格不搭, 就是麻烦. 后来索性自己改造了一个网上的代码, 链接, 代码, 表格, 图片, 格式什么的都可以直接粘贴过去, 方便了不少. 可还是没有办法处理数学公式. 这也是我推送的文章里很少有数学公式的原因之一. 这两天终于把这个问题解决了, 否则以后推送含有很多数学公式的文章实在很痛苦.

2. Winmostar

一个GROMACS的图形界面, 可以申请3个月的试用版. 初学者可以借此快速了解GROMACS工作流程.

3. ParmBSC1力场

nature上发表的一个DNA力场, 值得一试.

论文采风

学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.

1. Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations

ParmBSC1力场的原始文章.

2. TSRC讲座

本周的讲座中有两个涉及新冠病毒, 信息量很大, 给出的图也非常漂亮. 这是第一个, 对接筛药.

目前测试过的药物

病毒的感染过程

病毒的结构, 已有的PDB

目前世界上最大的药物小分子数据库, 配最快的计算机来筛

3. TSRC讲座

第二个讲座, 分子动力学模拟.

全原子模拟

结构的来源

考虑膜

再考虑表面的糖基, 超大模型

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