分子模拟周刊:第 22 期

类别:    标签: 周刊   阅读次数:   版权: (CC) BY-NC-SA

每周心情: 珍爱尊重生命

那是一个美丽的秋天,小猪在果园里摘熟透的苹果……青蛙朝他走过来,他看起来很忧虑。

“我发现了一样东西。”他说。

“什么东西?”小猪问。

“跟我来,我带你去看。”青蛙回答。

于是他们一起朝树林走去,小猪显得很紧张。

他们来到了林边的一块空地,青蛙朝地上指了指。“看,”他说,“这只黑鸟有点不对劲,他一动也不动。”

“他可能睡着了。”小猪说。

这时小鸭扇着翅膀也跑来了。

“出了什么事?”她关切地问,“发生什么意外了吗?”

“嘘——他睡着了。”青蛙说。但小鸭觉得这鸟儿看起来像是生病了。

这时,野兔正啃着红萝卜穿过树林,远远看到有什么事情发生,就也朝这边走来。

他蹲下来,看了看躺在地上的黑鸟,说:“他死了。”

“死了?”青蛙问,“什么是死?”

野兔用手指了指蓝色的天空。“每样东西都会死。”他说。

“我们也一样吗?”青蛙问。

野兔不太确定。“也许吧!不过要等到我们老了以后。”他说。

“我们应该把他埋了,”野兔指着不远的地方说,“就埋在那块山丘底下。”

他们合力做了一个担架,抬着黑鸟向山丘下的草地走去。

小猪和青蛙在地上挖了一个深深的洞。

“鸟儿一生都在为我们唱动听的的歌,”野兔在一旁轻轻地说,“现在他可以安息了。”

他们小心翼翼地把黑鸟放进洞里。青蛙在上面洒了些他找来的野花。小猪流着眼泪用泥土把洞口盖上。

最后,他们在上面放了一块漂亮的石头。

整个过程显得十分安详,四周也非常安静,没有一点声音——连鸟的叫声都没有。

大家很感动,在回去的路上静静地都没说话。

突然青蛙跑到前面兴奋地大叫: “我们来玩捉人游戏!小猪,你来抓我。”

他们又闹又笑,一直玩到天黑。

他们是那么快乐,一齐滚到草地里。

“生活真美好!生命真美好!”青蛙对着辽远的天空大声喊道。

这群玩累了的朋友们开心地动身回家了。

当他们经过山脚下的时候,听到一个声音。树上有一只黑鸟正在唱着动听的歌——一如往常。

给孩子读过很多绘本, 我很喜欢其中的 青蛙弗洛格的成长故事. 虽然已经是上个世纪的作品了, 但我还是很欣赏其中流露出的情感与思想, 即便对孩子来说他们可能有时并不能理解.

照例巡过河岸的时候, 在水边发现一只死去的知更鸟, 被丢弃的鱼线缠绕而死, 还睁大了一只黑的眼睛, 瞪视着上面蓝的天, 白的云.

我小心地将它提到岸上, 解开缠绕的鱼线, 闭上它的眼睛, 对孩子说: 我们要把它埋起来, 就像青蛙弗洛格他们做的那样. 孩子明白了我的意思, 抢着要去挖一个洞. 换了几次, 终于在一处高坡找到了合适的地方, 视野开阔, 土地松软, 靠着一棵大的树桩. 我们用木棍和手挖了一个不深的洞, 足够容纳下知更鸟, 然后便将它用一条旧毛巾裹起来, 小心地放进去, 填回土, 轻轻压实, 上面再摆一圈找到的石头, 并在旁边立下一根木棍作碑.

孩子知道生命, 知道死, 知道观自在菩萨不生不灭, 知道爸爸妈妈会生宝宝, 宝宝长大会代替爸爸妈妈, 宝宝还会再生宝宝. 她相信爸爸说的, 现实世界中, 所有的生命都会死, 死后会变成土, 再变成其他东西, 就像大树死去后会变成土, 然后土里再长出其他东西.

孩子不希望再看到小鸟被鱼线缠住, 所以她要把别人丢弃的鱼线都捡起来放好, 不让它们再缠住小鸟. 她还要每天巡视河边, 看有没有小鸟被缠住, 如果有就要救下它们. 我知道这都是她此时的想法, 转天可能就忘了, 即便如此, 也有欣慰.

在线讲座第45期

【黄 铭】伞状采样在GROMACS里的实现和应用

【时 间】2020-06-14 周日 晚 20:00-21:00

【参 与】加入QQ群: 132266540GROMACS/AMBER中文组), 按时上线加入QQ电话/群视频

资源工具

1. aa2pro: 蛋白建模工具

最近把这个工具继续完善了一下, 基本可以准备发布了.

目前这个工具可以根据氨基酸序列和二面角参数构建蛋白, 所给的原子名称和顺序与GROMACS的力场拓扑一致, 可以直接使用. 此外, 也可以作为一个氨基酸残基性质的查询工具.

2. gmx_mmpbsa: 丙氨酸扫描

将前一个工具用到的建模功能集成到这个工具中, 就可以实现丙氨酸扫描. 虽然困难不大, 但实现起来有点麻烦, 因为我还想着最好能实现任意残基的突变, 而不单单是丙氨酸突变. 后来想还是算了吧, 就先完成简单的丙氨酸突变吧, 其他的, 随缘吧.

3. 石墨烯平面的卷曲与扭曲

已经在这个号里推送过, 但这里还是要再重复一次. 如果你还没有读过, 请读一下. 即便你对这个具体的问题不感兴趣, 也要读读前面的总纲部分, 因为那里有我们需要关注的 道. 我以后大概不会再写这么详细的思考流程了.

4. Telluride Science Summer Lecture Series

由于疫情, 今年的TSRC会议改成网络研讨会了. 这里是讲座的题目和信息, 可以看看现在大家都在做什么东西.

论文采风

学艺术和建筑的, 经常要外出采风和写生. 做科研的也同样需要, 只不过换成了阅读文献和查看问题. 阅读别人的论文其实就是采风, 而尝试解决别人提出的问题, 就是写生了.

1. Electronic Properties of Möbius Cyclacenes Studied by Thermally-Assisted-Occupation Density Functional Theory

在那篇石墨烯卷曲和扭曲文章的留言中, 有人问起扭曲的石墨烯是否会出现新特性. 对经典MD来说, 应该不会有什么大的区别, 在量子化学视角下, 扭曲后的性质还值得关注. 这篇论文就是研究石墨烯莫比乌斯带模型性质的, 两年前的文章, 不算老, 说明这个课题还是有人关注的.

说到这, 想起来, 那个什么很热的魔角石墨烯, 也算类似. 这种奇奇怪怪的东西, 谁知道你还能发现什么呢?

2. Exponential Relationships Capturing Atomistic Short-Range Repulsion from the Interacting Quantum Atoms IQA Method

一篇理论文章, 用相互作用的量子原子方法给出了原子间近程相互作用为指数形式的说明, 可以作为拟合相互作用势能函数时使用指数形式的论据. 或许也可以推广一下.

3. TSRC: AI in Drug Design

AI的一般介绍

使用神经网络拟合SAPT0相互作用能

结果还可以

结论

展望后面的工作

4. TSRC: Measuring and Manipulating the 3D Genome

研究基因3D结构的

后面的实验部分就听不懂了.

5. TSRC: Understanding the ‘Operating System’ of the Genome: the Structure and Function of Chromatin Packing

讨论基因的结构, 偏理论, 方法类似研究聚合物的堆积. 因为我熟悉, 所以能明白更多.

6. TSRC: A water window on membrane biochemistry

研究生物膜的结构

用SHG和SFG实验

7. TSRC: Asymmetric Response of Interfacial Water to the Applied Electric Field

研究界面水的性质

提到的两篇参考文献

8. TSRC: Quinary Interactions: Proteins, Viral Capsids, and Other Things that Assemble and Disassemble Inside Cells

蛋白相互作用, 自组装, 要解决的问题

然后以4个例子进行说明

9. TSRC: Exploiting 3D to 2D Localization to Control Protein Self-assembly

研究蛋白的自组装, 一个炫酷的示意动画, 不代表真实

他们自己用的反应模型

并开发了相应的程序, 可以模拟微米尺度, 分钟时间的反应.

10. TSRC: Nanoscale Models, Macroscale Impacts

总结了蛋白质研究的前沿问题

总结

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